Monteur de formation, Stéphane Bégoin a collaboré à un grand nombre d'émissions de la télévision, comme par exemple, Les enfants du rock, Océaniques, Désirs des arts. En parallèle, il rencontre et travaille avec des hommes comme Pierre Trividic, Jean-Luc Léon, qui lui donnent l'amour du documentaire et le goût des histoires solides et charpentées.
Après dix années de montage, il décide de réaliser ses propres films. Son intérêt se porte autant sur les histoires humaines, sur la spiritualité, que sur les grandes questions qui agitent la science. Il réalise entre autre Cayeux, pleine et basse mer (documentaire sur la baie de Somme et ses habitants), Roger B., alchimiste (documentaire sur la trajectoire personnelle d'un homme à la recherche de la pierre philosophale), Et Sapiens inventa l'Homme (documentaire consacré aux premiers hommes modernes) et une série consacrée à la paternité (Du coté des pères).
Au hasard des tournages il est amené à voyager et à rencontrer des peuples premiers comme les bushmen en Namibie, les inuits dans le grand nord canadien ou les shipibos en Amazonie (Le Voyage de Charlie). Dans Catholique malgré tout, il s’interroge, aux cotés d’hommes et de femmes de foi, sur l’avenir de l’Eglise catholique. Avec L’homme au nom guillotiné, il accompagne un homme dans sa quête d’identité. La science lui offre également l’occasion de travailler sur certaines énigmes (Le mystère Stradivarius, La grande épidémie). Elle lui fournira le cadre de ses prochains films (Hatshepsout et le pays de Punt, Lascaux, le ciel des premiers hommes).